مرکز تحقیقات فیزیولوژی کاربردی یکی از مراکز تحقیقاتی علوم پایه بیومدیکال مصوب وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی در سطح کشور می باشد. این مرکز با هدایت پژوهش‌های پایه به منظور به کارگیری آن در علوم بالینی تاسیس گردید. مرکز تحقیقات فیزیولوژی كاربردي در22 مهر ماه سال ۱۳۸۵ در یکصد و هفتادمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی مورد تصویب و موافقت اصولی قرار گرفت و توسط اعضای موسس مرکز شامل: آقایان دکتر علی نسیمی دکتر مهدی نعمت بخش و دکتر مراثی و دکتر گلشن و خانم‌ها دکتر لیلا برجیان و مینو ادیب تشکیل و پس از آن فعالیت خود را زیر نظر معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان آغاز کرد. و پس از ارزشیابی‌های مختلف سالیانه مراکز تحقیقاتی وزارت بهداشت در دویست و بیست و چهارمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی در تاریخ 23/2/92 مورد موافقت قطعی قرار گرفت.

شورای پژوهشی مرکز در اولین جلسه خود در سال ۱۳۸۵ و با این باور که مرکز تحقیقاتی باید دارای گرایش تحقیقاتی خاص باشد، لاین تحقیقاتی مرکز را بیولوژی عروق (عملکرد اندوتلیوم) تعیین نمود. این مرکز با توجه به رسالت خود در گسترش حوزه‌های کاربردی، با متخصصین رشته‌های مختلف اعم از متخصصان قلب، اطفال، زنان، جراحان قلب و عروق، متخصصان مغز و اعصاب، چشم و بیماری‌های دهان و دندان و .... پروژه‌های مشترک تحقیقاتی با رویکرد به اختلالات اندوتلیوم تعریف کرده است. از آنجا که رویکرد کلی مرکز تحقیقات ترجمانی (Translational Research) است که به صورت تاکید بر رساندن یافته‌های پایه به بالین می‌پردازد تا سال ۹۲ پروژه‌های تحقیقاتی مرکز بر بررسی نقش اندوتلیوم در تشخیص بیماری‌ها و طراحی مداخله‌های درمانی موثر با تمرکز بر نقش سیستم اندوتلیال بوده است. در حوزه پروژه‌های فناورانه پروژه‌های اصلی تولید رگ مصنوعی با استفاده از سلول‌های پیش‌ساز اندوتلیال و اسکافولدهای نانو تولید شده در کشور در مرکز بوده است. از سال۹۲ و پس از انجام مطالعاتی که هدف از آن تشویق رگ‌زایی در زمینه‌های ایسکمی بود و با توجه به افزایش بروز سرطان و افزایش مرگ و میر ناشی از آن و نبود مراکز تحقیقاتی علوم پایه در سرطان این مرکز نقشه تحقیقاتی خود را بر سرطان متمرکز نمود.

لازم به ذکر است مرکز تحقیقات فیزیولوژی کاربردی یکی از مراکز زیرمجموعه پژوهشکده قلب و عروق اصفهان می‌باشد همچنین عضو شبکه پزشکی مولکولی کشور و همچنین عضو شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی کشور می‌باشد. در بهمن سال ۱۳۹۴ طی جلسه‌ای و بازدید شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی، مرکز تحقیقات فیزیولوژی کاربردی به عضویت این شبکه در آمد. حمایت‌های این شبکه شرایط مناسبی برای تحقیق و پژوهش در این مرکز فراهم خواهد کرده است.